Akciğer kanseri hücre hatlarında ALX3 geninin ifade ve promotor bölgesinin metilasyon düzeyinin araştırılması

Abstract

Son yıllarda yapılan bazı çalışmalar çeşitli kanserlerde bazı genlerin biyobelirteç olabileceğini göstermiştir. Buna bağlı olarak yapılan genom boyu taramalarda ALX genlerinin de normal dokulara kıyasla metilasyon farklılıkları gösterip bu biyobelirteçlerden olabileceği gösterilmiş olmakla birlikte özellikle ALX3 geninde yapılan çalışmaların sayısı çok azdır. Buna karşılık yapılan bu az çalışmada bile ALX3 geninin metilasyon profilindeki farklılıklar bazı kanserlerde normal dokulara kıyasla farklılık göstermiştir. Ancak literatürde ALX3 geni ve akciğer kanseri arasında bir ilişkiye rastlanmamıştır. Bu bakımdan bu çalışmada ALX3 geni ve akciğer kanseri arasındaki ilişkinin gen ifadesi ve metilasyon profilleri açısından incelenmesi ve bu genin akciğer kanseri patogenezinde bir biyobelirteç olup olamayacağının bulunması amaçlanmıştır. Bu amaçla bu tez çalışmasında in vitro olarak A549 ve H1299 akciğer kanseri hücre hatları ile Beas-2B normal akciğer dokusu hücre hattı kullanılmıştır. Metilasyon analizi için COBRA yöntemi, gen ifadesi analizi için ise Gerçek-Zamanlı PCR yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak akciğer kanseri hücre hatları normal akciğer dokusu hücre hattına kıyasla belirgin şekilde hipermetilasyon göstermiş olup gen ifadelerinde belirgin bir farka rastlanmamıştır. Sonuçlara göre ALX3 geni akciğer kanserinde belirgin bir hipermetilasyon modeli sergilediği için biyobelirteç olma potansiyeli bulunmaktadır. Yapılan bu in vitro analizlere ek olarak aynı araştırmaların in vivo bir şekilde hasta örneklerinde yapılmasının bu potansiyelin kesinleştirilmesine fayda sağlayabileceği düşünülmektedir. Tüm bu sonuçlar ışığında ALX3 geni akciğer kanseri için potansiyel bir biyobelirteçtir ve bu genin hipermetilasyonunu tersine çevirecek bir biyoteknolojik ilaç geliştirilmesi yönünde yapılabilecek çalışmalar için temel oluşturmaktadır.

Some studies in recent years have shown that some genes may be biomarkers in various cancers. Accordingly, although it has been shown in genome-wide scans that ALX genes show methylation differences compared to normal tissues and may be one of these biomarkers, the number of studies especially on the ALX3 gene is very few. However, even in these few studies, differences in the methylation profile of the ALX3 gene differed in some cancers compared to normal tissues. However, no relationship was found between the ALX3 gene and lung cancer in the literature. In this regard, in this study, it was aimed to examine the relationship between the ALX3 gene and lung cancer in terms of gene expression and methylation profiles and to find out whether this gene can be a biomarker in the pathogenesis of lung cancer. For this purpose, A549 and H1299 lung cancer cell lines and Beas-2B normal lung tissue cell lines were used in vitro in this thesis study. COBRA method was used for methylation analysis and RealTime PCR method was used for gene expression analysis. As a result, lung cancer cell lines showed significant hypermethylation compared to normal lung tissue cell lines, and no significant difference was found in gene expressions. According to the results, ALX3 gene has the potential to be a biomarker since it exhibits a prominent hypermethylation pattern in lung cancer. In addition to these in vitro analysis, it is thought that performing the same studies on patient samples in vivo may help to confirm this potential. In the light of all these results, the ALX3 gene is a potential biomarker for lung cancer and forms the basis for studies to develop a biotechnological drug that will reverse the hypermethylation of this gene.